Tak hanya mengambil sasis dan kaki-kaki, Mazda Bongo juga menggunakan mesin dari mobil tersebut, yaitu jenis OHV 8 valve 4 silinder segaris 800cc, berpendingin air,  dengan kode Mazda SA. Mesin bensin dengan karburator ini sanggup menghasilkan tenaga sebesar 37Hp pada 5000Rpm.

Namun, perancang Mazda Bongo menempatkan mesin ini dibagian belakang. Desain bodinya, menerapkan konsep Cabin Over Engine (COE) atau Forward Control (FC) yang jika diterjemahkan dalam bahasa Indonesia sebagai kendaraan dengan format kabin di atas mesin.

Saat ini konsep COE banyak digunakan pada jenis truk atau kendaraan komersial ringan seperti Mitsubishi L300, Isuzu Traga, Suzuki Carry, Daihatsu Gran Max. Meski demikian, Mazda tidak membuat dan menjual varian pikap dari Bongo generasi pertama ini di Indonesia.

Pada tahun 1968, Mazda kemudian mengeluarkan varian F1000 dengan mesin pendingin air OHV 8 valve 4 silinder segaris 1000cc dengan kode mesin Mazda PB yang tetap mengandalkan karburator. Tenaga yang dihasilkan sebesar 48Hp pada 5000Rpm. Mesin ini dilengkapi dengan gearbox manual 4 percepatan.

Mazda Bongo F1000 yang beredar di Indonesia, dirakit oleh NV Indonesian Service Company. Meski rakitan lokal, namun bentuk bodi dan fitur yang tersedia masih sama dengan versi JDM. Penggemar otomotif pasti pernah mendengar apa itu JDM.

Secara umum, istilah ini berasal dari kata Japanese Domestic Market. Artinya, model mobil tertentu hanya dijual untuk pasar domestik Jepang dan tidak bakal ditemui di negara lain.

Hal ini berbeda dengan minibus merk lain yang  lainnya menyerahkan pembuatan bodi belakangnya kepada karoseri lokal.

Salah satu nilai tambah dari Mazda Bongo dibandingkan dengan minibus pada eranya adalah pintu belakangnya sudah menganut model pintu geser, walau hanya ada satu itupun disebelah kiri. Dapat dikatakan, inilah mobil rakitan Indonesia pertama yang memakai pintu geser.